Первыми жителями послевоенного города и окружавшего его района являлись военнослужащие, репатрианты, демобилизованные солдаты и оставшиеся инстербуржцы. К лету 1946 г. в районе проживало 8548 человек (из них 4014 человек — немецкое население). В результате боевых действий было разрушено до 60 % городских зданий, на 40 % повреждено дорожно-мостовое хозяйство. На работах по восстановлению города были заняты военнопленные.

С принятием 9 июля 1946 г. постановления правительства о заселении области, население района начало формироваться за счет переселенцев из других областей страны — Курской, Калужской, Рязанской, Орловской и еще 10 регионов.

Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 7 сентября 1946 г. Инстербург был переименован в город Черняховск в честь командующего 3­м Белорусским фронтом, дважды Героя Советского Союза, генерала армии И. Д. Черняховского, который 18 февраля 1945 г. на одном из участков фронта был смертельно ранен. Город Черняховск стал центром Черняховского района.

К концу 1946 г. были частично восстановлены и начали функционировать железнодорожная станция, 2 корпуса элеватора, водопроводная сеть, приступили к выпуску продукции мясокомбинат, кожевенный, авторемонтный и консервный заводы, швейные, сапожные, столярные и др. мастерские, работали мастерские горпромкомбината и промартель «Путь в коммуну».

В течение двух послевоенных лет начали работать завод безалкогольных напитков, хлебокомбинат, гвоздильно­сеточный завод, комбинат пищевой промышленности, пивзавод и др. Для жителей города открылись лечебные учреждения, школы (в том числе одна для немецкого населения), 19 торговых точек.

Были восстановлены электростанция, водонапорная станция, городской водопровод. Открыты библиотеки, Дома культуры, учреждения образования, спортивные общества и клубы.

Черняховск стал одним из крупнейших центров социально­культурной жизни новой советской территории.

В 1947 г. появляется радиовещание и выходят в свет первые советские газеты: «Коммунист» (городская) и «Сталинец» (районная), открываются кинотеатры «Ударник» и «Салют», детские сады, Дом пионеров, расчищаются городские парки и стадион, проводится освещение улиц города. По состоянию на 1 сентября 1947 г. в городе проживало 16 330 человек, из них немцев — 789 человек.

В 1948 г. создан государственный племенной рассадник остфризского скота, имевший всесоюзное значение.

В этом же году установлен первый советский памятник – обелиск генералу армии И.Д. Черняховскому.

В полную силу начинает функционировать крупный железнодорожный узел, запускаются автобусные перевозки пассажиров, восстановлен речной порт, открыто регулярное движение грузовых пароходов по водной артерии области.

В 1949 г. на братской могиле советских воинов (ул. Спортивная) установлен обелиск Славы.

По состоянию на 1 января 1950 г. в г. Черняховске проживало 25 123 человека

В 1951 г. утверждён первый план застройки города. Восстановлено из руин много зданий и сооружений. Успешно развивается сельское хозяйство.

В 1953 г. открыта первая сельскохозяйственная выставка. Восстановлена система коммунальных сетей. Открываются новые детские сады, клубы, кинотеатры, лечебные учреждения.

В 1960­е годы введены в строй новые промышленные предприятия: асфальтобетонный и керамический заводы. На базе Черняховской государственной конюшни образован Черняховский конный завод №7 по выращиванию лошадей ганноверской и голштинской пород. С 1977 г. здесь снова появляются лошади тракененской породы. В 1964 г. изменен профиль гвоздильно-сеточного завода — предприятие, приступившее к выпуску автоматных деталей для станкостроительной промышленности, было переименовано в Черняховский завод автоматных деталей (с 1965 г. — Черняховский завод "Автоматкоммунмаш"). В 1968 г. открыт филиал Калининградского машиностроительного завода (с 1975 г. — Черняховский машиностроительный завод).

В 1970-е годы осуществляется новый план развития города, предусматривающий строительство новых микрорайонов (в основном пятиэтажными домами). В целях реализации государственных задач в сфере градостроения в Черняховске создан завод крупнопанельного домостроения.

9 Мая 1977 г. открыт новый памятник И.Д. Черняховскому на площади, которая впоследствии получила имя полководца.

В 1978 г. по итогам Всесоюзного социалистического соревнования за повышение эффективности производства и качества работы, успешное выполнение народнохозяйственного плана 1977 г. город был признан победителем и награжден переходящим Красным знаменем ЦК КПСС, Совета Министров СССР, ВЦСПС и ЦК ВЛКСМ.

По данным переписи 1979 г. численность жителей города превысила 35 000 человек.

Это десятилетие также было отмечено «кинематографическими историями». Весной 1975 г. известный сегодня режиссер Алексей Герман снимал в Черняховске эпизоды художественного фильма «Двадцать дней без войны» (по сценарию К. Симонова), главную роль в котором исполнил Юрий Никулин. В начале осени 1979 г. сюда снова заглянули кинематографисты «Ленфильма» — для съемок эпизодов комедии «Трое в лодке, не считая собаки» (по мотивам одноименной повести Джерома К. Джерома, режиссер Н. Б. Бирман); на сей раз были задействованы шлюзы в пос. Междуречье Черняховского района.

В 1980-х годах Черняховск продолжал развиваться как важный промышленный центр и транспортный узел. В городе располагалось более десятка заводов и фабрик, ведущая роль принадлежала предприятиям машиностроения, деревообрабатывающей и пищевой промышленности.

В этом десятилетии стала особо заметна роль Черняховска как индустриального, транспортного и культурного центра для близлежащих территорий, а также центра подготовки кадров для соседних городов.

В 1985 г. на его железнодорожном вокзале снимали эпизоды фильма «Через сто лет в мае» («Таллинфильм»), посвященного событиям в Эстонии 1920-х гг. В мае 1988 г. местный конный завод привлек внимание режиссера Одесской киностудии В. Г. Лысенко, снявшего здесь финальные кадры фильма «Наследница Ники».

По данным переписи 1989 г. численность городского населения составила 40 000 человек.