В 1902 году в новом здании Инстербурга на улице Альбрехтштрассе 7 открылась Knabenmittelschule an der Luisen - средняя школа для мальчиков. Ученики после её окончания получали образование девять классов. Гордостью школы стал актовый зал, расположенный на третьем этаже, с боковыми панелями и потолочным сводом из лиственницы и большой фреской на северной стене (не сохранилась). Просторный спортивный зал имел входы внутри здания и с улицы.

Во время Первой мировой войны в этом здании размещался подвижной лазарет Императорского Мраморного дворца Российского общества Красного креста при 1-й армии, в котором сестрами милосердия служили великая княгиня Мария Павловна младшая (дочь великого князя Павла Александровича и греческой принцессы Александры Георгиевны) и княгиня Елена Петровна Сербская (единственная дочь короля Сербии Петра I из династии Карагеоргиевичей – была замужем за русским князем императорской крови Иоанном Константиновичем).

2 июня 1915 года последовало его императорского величества соизволение на пожалование ее императорскому высочеству великой княгине Марии Павловне-младшей и ее королевскому высочеству княгине Елене Петровне Георгиевских медалей 4-й степени «…за самоотверженную деятельность в качестве сестер милосердия при лазарете Мраморного дворца в Инстербурге в августе 1914 года».

В конце Второй мировой войны в школе разместили один из многих советских военных госпиталей, располагавшихся в Инстербурге. В 1947 году в здании расположилась неполная средняя школа № 4. Также, длительное время в ней находилась столовая и общежитие (для паровозного и локомотивного депо).

С 1947 по 1960 год школа часто переименовывалась:

- 12 июня 1947 – июль 1951 Неполная средняя школа №4 ст. Инстербург Литовской железной дороги;

- Август 1951 – июль 1953 Средняя школа №4 ст. Черняховск Литовской железной дороги;

- Июль 1953 – август 1956 Средняя школа №13 ст. Черняховск Балтийской железной дороги;

- Август 1956 – декабрь 1960 Средняя школа №4 ст. Черняховск Литовской железной дороги.

С января 1961 года школа стала называться «Средняя школа №6» г. Черняховска Калининградской области

В августе 2014 в городе Черняховске, в школе №6, состоялось открытие памятной доски сестрам милосердия, великой княгине Марии Павловне младшей и княгине Елене Петровне Сербской.

14 февраля 2014 года, накануне 25-летия со дня вывода советских войск из Афганистана, в сквере у школы №6 был установлен памятник нашим землякам, погибшим в локальных конфликтах.