В 1991 г. произошли кардинальные изменения административной структуры. Черняховский горисполком и все исполкомы сельских Советов на территории района были ликвидированы, а для управления городом и районом были образованы администрация Черняховского района и сельские администрации. В 1993 г. была прекращена деятельность районных и городских Советов народных депутатов, и выбран Совет депутатов муниципального образования. Закон Калининградской области в 1996 г. закрепил статус Черняховска в качестве центра административно-территориального образования области «Черняховский район».

Экономические реформы носили шоковый характер. Практически все предприятия города были акционированы, многие из них прекратили свое существование (старейшее предприятие города завод «Техмаш», а также керамический, асфальтобетонный заводы, АОЗТ «Карат», деревообрабатывающий комбинат, завод крупнопанельного домостроения, кожевенный завод).

Однако, происходили и события совсем иной тональности. Так, православная община города получила восстановленную Свято-Михайловскую церковь (ныне Собор Архангела Михаила). Были открыты для прихожан двери католической церкви.

В 1991 г. в Черняховске появилась своя таможня, открылась новая средняя школа № 3 с контингентом учащихся до 1000 человек. В 1992 г. институтом «Ленгипрогор» был разработан генеральный план города. В 1993 г. появилось новое предприятие ОАО «Интерлес». Черняховское педагогическое училище было преобразовано в педагогический колледж.

В 1996 г. сдано в эксплуатацию новое здание железнодорожной поликлиники. В 1997 г. в Черняховске открыт технический центр по подготовке многоэтажных контейнеров. Мощный контейнерный терминал европейского уровня расположился в Ново-Западном парке железнодорожной станции Черняховск. В августе 1997 г. состоялось открытие средней школы № 8. В том же году в Черняховске образована мебельная фабрика «Интердизайн». В 1998 г. в городе появилось высшее учебное заведение — филиал Московского психолого-социального института; средняя школа № 2 получила статус гимназии.

В 1997 г. в состав городской черты Черняховску были включены поселки Маёвка и Тимирязево. Именно в 1990-е гг. на черняховской земле возродилась традиция проведения крупных конных турниров (четыре раза в городе пройдет этап Кубка Мира, потом к нему присоединится Кубок Наций). Впервые Кубок Мира по конному спорту в Черняховске прошел летом 1995 г. В 1997 г. состоялся Международный конный турнир по конкуру этапа Кубка Мира «Вольво» и Кубка Наций «Самсунг».

Активизировалась городская культурная и общественная жизнь. В течение 1990-х гг. девять самодеятельных коллективов города получили звание народных, среди них — ансамбль песни и танца «Россияна», цирковая студия «Юность», оркестр народных инструментов, театр «Радуга», кукольный театр, молодежный театр миниатюр, камерный хор «Гармония» и др.

Именно девяностые позволили вспомнить о многовековой истории Черняховска-Инстербурга. В 1997 г. началось возрождение замка Инстербург, который в настоящее время развивается как «Общественный исторический парк». С 1998 г. в городе начал выходить литературно-художественный и публицистический журнал «Мой город Черняховск».

Начало нового тысячелетия «ознаменовалось» тем, что в феврале 2000 г. АО «Янтарьэнерго» за долги отключило в городе уличное освещение.

Однако в жизни Черняховска были и достижения. В 2000 г. в замке Инстербург была представлена диорама знаменитого сражения под Грос-Егерсдорфом. В 2001 г. школа № 7 получила статус лицея, тогда же открылся первый в городе супермаркет «Вестер». В 2002 г. именно в Черняховске в замке Инстербург состоялся первый в регионе международный Фестиваль средневековой культуры (Рыцарский турнир), с этого же стал издаваться историко-краеведческий журнал «Надровия». На базе конного завода «Георгенбург» в 2003 г. прошел международный турнир по конкуру, а также международный сельскохозяйственный семинар. Там же в 2004 г. состоялись VIII Международные соревнования по конкуру, вошедшие в десятку крупнейших конноспортивных турниров Европы.

Черняховск приобрел всероссийскую известность благодаря коньячной продукции, выпуск которой с 2003 г. стал осуществляется ВКЗ «Альянс-1892». В том же году открылся завод по производству спиртных напитков «Вест-Алко», образовано ООО «АРВИ НПК» (производство и реализация гранулированных минеральных удобрений), основан завод «ТелеВолна» (выпуск бытовой техники и электроники). В это время Черняховск стал известен в регионе как город, где производится 20 % объема выпускаемой в области мебели.

В 2005 г. начинает выходить альманах «Берега Анграпы». Черняховск стал первым в России городом, в котором открылось официальное представительство программы «Жди меня».

По состоянию на 2010 г. дополнительно к перечисленным выше в городе осуществляли свою деятельность «Торговый дом «Прибалтийский кондитер» (производство шоколада и сахаристых кондитерских изделий), «Черняховский мясокомбинат» и «Мясокомбинат Финестра», «Балтийский консервный завод» (производство рыбных консервов), «Пластикат-сервис» (производство и реализация пластиковых окон и дверей), «Черняховский авторемзавод», ООО «Феликс» (производство и реализация мебели) и многие другие.

В Черняховске действуют «Городской театр», «Центр культуры и досуга», досуговый центр «Анита», духовно-просветительский центр «Преображение», стадион, три парка, Централизованная библиотечная система. В городе большое количество образовательных учреждений всех ступеней: индустриально-педагогический колледж, 6 средних образовательных школ, гимназия, лицей, детский дом, 4 детских сада, Детско-юношеский центр, Детско-юношеская спортивная школа, музыкальная и художественная школы. В сфере предоставления медицинских услуг работают центральная районная больница, инфекционная больница, стоматологическая поликлиника, Центр психолого-педагогической реабилитации и коррекции, множество частных медучреждений, эпидемиологическая и ветеринарная станции.

В городе располагаются частные гостиницы «У медведя», «Бриз Балтики», «Кронверк», «Пивной двор», «Георгенбург», «Кочар», парк-отель «Ангел», база отдыха «Беломорское», множество уютных частных кафе и ресторанов.

Черняховск имеет большую привлекательность для российских и иностранных туристов. Здесь сохранилось более 70% исторической застройки. Это единственный город России, где в городской черте расположены два средневековых замка: орденский замок Инстербург и епископский замок Георгенбург, а также уникальная для РФ «стыковка» европейской (узкой) железнодорожной колеи и российской (широкой) с действующей инфраструктурой по перевалке грузов.

Сегодня Черняховск - один из малых, но интереснейших и динамично развивающихся городов нашей страны, центр Черняховской епархии Русской православной церкви, наполненный многослойной историей от рыцарских времен до наших дней. Несмотря на почтенный возраст, город на глазах преображается и развивается. Становится красивым, привлекательным, комфортным местом для жителей и гостей города. Реставрируются и обновляются исторические кварталы, формируется Индустриальный парк - самая крупная промышленная площадка Калининградской области.